Действие второго сезона происходит через пять лет после событий The Last of Us, когда Элли и Джоэл обосновались в Вайоминге. Они живут среди группы выживших в коммуне Томми, но вскоре их покой оказывается под угрозой. В какой-то момент становится известно о появлении таинственных незнакомцев, и Элли отправляется на их поиски вместе со своей подругой Диной.